Przywilej lokacyjny wsi Frączki wystawił biskup Jan Stryprock 14 maja 1358 roku. Swojemu krewnemu, Henrykowi Flemingowi, zapisał 50 włók na prawie chełmińskim. Miejscowość zaczęto nazywać od nazwiska zasadźcy Flemingswald, czyli las Fleminga. Z czasem uległa ona skróceniu do formy Fleming. Obecną nazwę – Frączki, utworzoną od imienia Franciszek – nadano po II Wojnie Światowej. Wieś, leżąca w granicach Warmii, dzieliła również jej losy: w latach 1807 i 1812 mieszkańcy dotkliwie odczuli przemarsze wojsk napoleońskich, a zimą 1945 roku uciekali przed nacierającą Armią Czerwoną.
Przywilej lokacyjny zobowiązywał zasadźcę do wystawienia kościoła. Pierwszy kościół został jednak zniszczony, prawdopodobnie w okresie wojny trzynastoletniej, która zakończyła się pokojem toruńskim w 1466 roku, bądź w czasie wojny zwanej księżą, którą prowadził w latach w latach 1478-1479 biskup warmiński Tungen z królem polskim Kazimierzem Jagiellończykiem. Nowy kościół został wybudowany pod koniec XVI wieku. Obecny, neogotycki kościół, powstał w 1872 roku i otrzymał wezwanie św. Marii Magdaleny. Samodzielna parafia we Frączkach została utworzona dopiero w 1905 roku. Pierwszym proboszczem był urodzony w niedalekim Radostowie ksiądz Alfons Boch. Zarządzał parafią prawie trzydzieści lat i pochowany został na cmentarzu obok kościoła, a nagrobek zachowany jest do dzisiaj.
Pod koniec XIX wieku we Frączkach zaczęło intensywnie rozwijać się rzemiosło, co wyróżniało tę wieś na tle okolicznych miejscowości. Do dziś we Frączkach zachowała się szkoła z czerwonej cegły, budynek, w którym funkcjonowała jedna z dwóch działających we wsi kuźni, dawna stolarnia oraz obiekt, w którym niegdyś mieściła się jedna z dwóch gospód.
W 2008 roku zorganizowano obchody 650-lecia istnienia Frączek, co upamiętnia kamień z tablicą ustawiony na starym postumencie w centrum wsi. Do końca II Wojny Światowej stał tu obelisk poświęcony mieszkańcom Frączek i Studzianki poległym podczas I Wojny Światowej.
We Frączkach od 2001 roku prężnie działa Stowarzyszenie „Nasza Wieś”, które prowadzi działalność artystyczną i teatralną oraz upowszechnia historię wsi. Ważnym wydarzeniem dla mieszkańców Frączek i okolicznych wsi jest organizowany przez Stowarzyszenie coroczny obrzęd sobótkowy, podczas którego mieszkańcy wsi śpiewają ludowe pieśni. Tradycją jest także rzucanie przez kobiety wianków na wodę, które potem wyławiane są przez panów, a także korowód ze świecami.
